種間雑種とは、日本種や西洋種、またはペポ種や西洋種を交配したもので、このように品種間の交配によって作出されたものは耐病性にすぐれ、また収穫量も元来のものより増えるのが特徴である。 我が国においては食糧増産のために作出された「新土佐(土佐鉄かぶと)」が初出である。この品種は現在も青果用・台木用として栽培される。また、観賞用として花屋で出回る(もちろん、野菜として食用にもできる)「プッチィーニ」は西洋種とペポ種の種間雑種であることが明らかになっている。 以下に、種間雑種の代表例を記す。